O Colégio SESC São José entende que a segurança é uma das principais preocupações dos pais em relação a seus filhos na escola. Por isso, toda área útil é monitorada por inspetores. A entrada e a saída de pessoas do Colégio também são controladas. Cada aluno possui um crachá de identificação que possibilita seu acesso às dependências do Colégio.